Đến cuối năm 1959, Bộ đội Hóa học đã được tổ chức thành một hệ thống từ Bộ đến toàn quân, có cơ quan tham mưu chỉ đạo là Phòng Hóa học; Tiểu đoàn 6 - Khoa Hóa học Trường Sĩ quan Lục quân, Khoa Hóa học - Trường Trung cao quân sự và các phân đội hóa học ở các quân khu, quân binh chủng, các sư đoàn và trung đoàn của một số sư đoàn bộ binh. Năm 1966, Phòng Hóa học phát triển thành Cục Hóa học (trực thuộc Bộ Tổng Tham mưu) và các Tiểu đoàn 901, 902, Kho K61, Xưởng X61 cũng lần lượt được thành lập.

Thượng tướng Phan Văn Giang, UVTWĐ, UVTVQUTW, Tổng Tham mưu trưởng QĐND Việt Nam, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng kiểm tra công tác huấn luyện chuyên ngành tại Tiểu đoàn 905/Binh chủng Hóa học

Song song với đẩy mạnh xây dựng và phát triển lực lượng sẵn sàng bảo vệ miền Bắc, nhiều đoàn cán bộ, chiến sĩ bí mật v­­ượt Trường Sơn vào Nam xây dựng lực lượng Hóa học, tổ chức huấn luyện, bảo đảm phòng hoá cho các lực lượng vũ trang. Tháng 11/1964, Phòng Hóa học Miền được thành lập, trực tiếp chỉ đạo công tác bảo đảm phòng hóa trên chiến trường miền Nam. Các cơ quan tham mưu hóa học, phân đội hóa học các quân khu, quân chủng, sư đoàn trong toàn quân cũng lần lượt được tổ chức, được trang bị khí tài tương đối hiện đại, khẩn trương cùng toàn quân, toàn dân đối phó với cuộc chiến tranh hóa học của Mỹ.

Trong chiến dịch Đồng Xoài (10/5-22/7/1965), lần đầu tiên được giao nhiệm vụ bảo đảm phòng hóa, Bộ đội Hóa học đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. Các Trung đoàn 271, 272, 273, Tiểu đoàn 840 tham gia chiến đấu giành thắng lợi, làm tiền đề để tiếp tục phát triển, hoàn thiện thành nghệ thuật bảo đảm hóa học trong chiến dịch, chiến đấu của cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước. Phân đội phun lửa 32 lần đầu tiên được Bộ chỉ huy quân sự Miền giao nhiệm vụ tham gia chiến dịch này, đã lập thành tích vang dội. Trong đợt 2 của chiến dịch, Phân đội phun lửa có 18 người (2 cán bộ và 16 chiến sĩ) chiến đấu lập công trong trận tiến công tiêu diệt chi khu quân sự Đồng Xoài, một vị trí kiên cố có mạng lưới hỏa lực dày đặc, chặt chẽ từ ngoài tiền duyên đến tung thâm… đã mở ra khả năng đánh địch bằng vũ khí chuyên môn của Bộ đội Hóa học. Trận đầu ra quân thắng lợi đó cùng với những thắng lợi trong các chiến dịch Khe Sanh, Đường 9 - Nam Lào… đã trở thành một nét son trong truyền thống vẻ vang “Phòng chống tốt, chiến đấu giỏi” của Bộ đội Hóa học.

Bộ đội Hóa học xử lý đạn có chứa chất độc CS tồn lưu sau chiến tranh

Cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước kết thúc, Bộ đội Hoá học lại tiếp tục bước vào cuộc chiến đấu mới. Đó là chiến đấu với hậu quả của chiến tranh, với những chất độc hoá học do Mỹ để lại; làm lực lượng nòng cốt và trực tiếp tham gia khắc phục chất độc tồn lưu sau chiến tranh và các sự cố hoá chất, độc- xạ trong sản xuất công nghiệp… Trước yêu cầu nhiệm vụ xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, cùng với sự phát triển của quân đội, tháng 7/1976, Bộ Quốc phòng đã Quyết định chuyển Cục Hoá học thành Bộ Tư lệnh Hoá học trực thuộc Bộ Quốc phòng. Việc hoàn thiện cơ quan chỉ huy, chỉ đạo cấp chiến dịch đã nâng cao được hiệu lực quản lý, chỉ huy và chất lượng chiến đấu tổng hợp của Binh chủng.

Là một binh chủng kỹ thuật, Bộ Tư lệnh Hóa học vừa bảo đảm, vừa chiến đấu, có nhiệm vụ làm nòng cốt trong công tác phòng chống vũ khí hủy diệt lớn và sử dụng vũ khí đặc chủng; phòng chống, ứng phó, khắc phục hậu quả sự cố độc xạ, môi trường và trực tiếp điều tra, thu gom, xử lý chất độc tồn lưu sau chiến tranh. Những vụ việc điển hình như: vụ nổ hoá chất ở Nhà máy nhiệt điện Thuỷ Nguyên, nhiễm độc tàu ở Cảng Chùa Vẽ, cháy nổ ở Nhà máy Z121, hủy bình khí Clo tại Bệnh viện đa khoa Trung tâm tỉnh An Giang, xử lý đất nhiễm chất độc hóa học tại Kho KV1, cứu nạn nhân bị ngạt khí tại mỏ vàng Bá Thước... đều có sự tham gia khắc phục của Bộ đội Hóa học.  Đặc biệt, trong công tác thu gom, xử lý chất độc sau chiến tranh, từ nhiều năm nay, Bộ đội Hóa học đã vượt qua muôn vàn khó khăn, nguy hiểm để có mặt ở các vùng đất nhiễm, ở những kho đạn chứa chất CS còn sót lại để xử lý. Nhiệm vụ này đòi hỏi những kỹ thuật rất phức tạp và đây là một trong những công việc đặc biệt nguy hiểm và vất vả của những người lính hóa học.

Để hoàn thành tốt nhiệm vụ chiến đấu thời bình, Đảng ủy, chỉ huy Binh chủng luôn xác định huấn luyện chiến đấu là nhiệm vụ chính trị trung tâm của Binh chủng. Hiện nay, ngoài việc chỉ đạo huấn luyện phân đội, Binh chủng đã và đang tích cực chỉ đạo huấn luyện các đại đội chuyên trách làm nhiệm vụ chuyên trách, 3 Trung tâm ứng cứu sự cố hóa chất độc xạ ở 3 miền (Bắc, Trung, Nam), Đội khắc phục hậu quả môi trường theo Hiệp định các nước ASEAN. Trong đó tập trung chỉ đạo huấn luyện nâng cao theo tình huống, mô phỏng các mục tiêu, các sự cố để huấn luyện bộ đội gần sát với môi trường độc xạ, với sự cố hóa chất độc có thể xảy ra trên từng địa bàn.

Binh chủng luôn bám sát thực tiễn, yêu cầu đòi hỏi của nhiệm vụ huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, xây dựng và phát triển tiềm lực phòng chống vũ khí huỷ diệt lớn, bảo vệ môi trường để triển khai toàn diện công tác nghiên cứu khoa học. Trong 5 năm qua (2012-2017) hàng trăm đề tài từ cấp cơ sở đến cấp Nhà nước đã được nghiên cứu, trong đó nhiều đề tài đạt xuất sắc, được ứng dụng trong thực tiễn huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, xử lý chất độc hoá học tồn lưu sau chiến tranh, bảo đảm trang bị thay thế nhập ngoại, đạt hiệu quả thiết thực.

Các hệ thống kho chiến lược, dự trữ Quốc gia cho quốc phòng, các trạm sửa chữa kỹ thuật được quy hoạch, bảo đảm an toàn, bí mật, sẵn sàng ứng phó kịp thời các tình huống hoá học, phóng xạ trên các địa bàn, hướng chiến lược quan trọng. đầu tư, làm chủ công nghệ, sản xuất được nhiều loại trang bị hoá học mới bằng vật liệu trong nước, thay thế hàng nhập ngoại trang bị cho toàn quân và giúp đỡ nước bạn Lào, Campuchia. Cụ thể là đã làm chủ dây chuyền công nghệ và tự sản xuất được Mặt nạ phòng độc MV-5; các loại ống trinh độc, mặt nạ phòng độc cách ly, than hoạt tính tẩm xúc tác (TX-05), bao tiêu độc cá nhân TCN-10; hàng chục vạn đơn vị lựu đạn khói; thiết kế, chế tạo thiết bị H-03 kịp thời trang bị cho các phân đội hóa học chống khủng bố; tiếp thu công nghệ dự án đầu tư dây chuyền công nghệ sản xuất phương tiện vật tư phòng hoá (TBH-08); dự án đầu tư công nghệ dây chuyền sửa chữa khí tài trinh sát thế hệ mới (TSH-14). Xây dựng và hoàn thiện 03 quy trình công nghiệp sản xuất trang bị khí tài và nghiệm thu nhiều trang bị khí tài thế hệ mới.

Binh chủng cũng đã đầu tư nghiên cứu, lựa chọn công nghệ xử lý triệt để dioxin trong đất và trầm tích phù hợp điều kiện Việt Nam và được ứng dụng thành công trong xử lý chất da cam/dioxin. Trong 10 năm, từ 2007-2017, Bộ đội Hóa học đã thực hiện 15 dự án, nhiệm vụ điều tra, thu gom, xử lý chất độc hóa học tồn lưu sau chiến tranh, điển hình là: Dự án XĐ-1, XĐ-2, Z9; Dự án “Điều tra, đánh giá hiện trạng phóng xạ và đề xuất các giải pháp bảo vệ môi trường phục vụ phát triển kinh tế xã hội và quốc phòng an ninh tại huyện đảo Trường Sa”; Dự án “Điều tra cơ bản hiện trạng phóng xạ trong môi trường tại các Quân cảng Hải quân và một số vùng kinh tế trọng điểm ven biển từ miền Trung đến Kiên Giang”; Quan trắc và phân tích môi trường hóa chất độc, phóng xạ trong hệ thống quan trắc môi trường quốc gia; tiến hành điều tra, khảo sát, đánh giá chất độc tồn lưu trên hầu hết các tỉnh miền Trung, miền Nam, xây dựng được hệ thống cơ sở dữ liệu về loại chất độc, địa bàn, diện tích, khối lượng bị ô nhiễm, phạm vi ảnh hưởng..; trực tiếp xử lý khối lượng lớn vũ khí, bom đạn chứa chất độc CS, xử lý chất độc da cam/dioxin tại các “điểm nóng” như: Sân bay Biên Hòa, Đà Nẵng, Phù Cát; thực hiện điều tra chất độc CS còn tồn lưu trên địa bàn của 21 tỉnh, thành từ Quảng Trị đến Kiên Giang; Phát hiện và thu gom, xử lý 109,5 tấn chất độc CS, 3,3 tấn đạn và vật nổ chứa chất độc CS, 260m³ đất nhiễm chất độc CS; trực tiếp xử lý an toàn tuyệt đối hàng chục tấn vũ khí, đạn hoá học đặc biệt nguy hiểm khác (napal, photpho, XM-74...).

Với những thành tích đặc biệt xuất sắc trong 60 năm xây dựng, chiến đấu, trưởng thành, Binh chủng đã có hàng trăm lượt tập thể đơn vị trực thuộc, hàng nghìn cá nhân được tặng thưởng huân, huy chương các loại; cờ thi đua, bằng khen của Chính phủ, Bộ Quốc phòng, các Bộ, Ban, ngành Trung ương và địa phương.

60 năm đã trôi qua, từ ngày đầu thành lập và trận đầu ra quân thắng lợi, cho đến hôm nay với những thành tích, chiến công mà Binh chủng Hoá học đạt được có ý nghĩa vô cùng to lớn, góp phần quan trọng vào thắng lợi vĩ đại của dân tộc trong cuộc đấu tranh giải phóng đất nước cũng như trong công cuộc đổi mới, đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam, xứng danh truyền thống “Phòng chống tốt, chiến đấu giỏi”.